Для строительства здания, в котором планировалось разместить двенадцать министерств, в Санкт-Петербурге в 1718 году был объявлен первый архитектурный конкурс в России. В результате победителем признали итальянец Доменико Трезини. В основе его проекта лежал принцип построения зданий в одну линию. Строительство шло быстро. В 1722 году был заложен первый камень, а всего через 20 лет здание было введено с эксплуатацию. Общая длина здания Двенадцати коллегий составила более четырехсот метров. Позже здание подвергалось реконструкции. Каждая часть его имела отдельный вход и крышу. На уровне второго этажа размещались балконы.
В начале XIX века в здании разместился педагогический институт, а позже, в 1819 – университет. В 1834-1838 годах здание Двенадцати коллегий подверглось очередной реконструкции, в таком виде оно и осталось до наших дней.